На первой стадии разложения, гидролизе, углеводы, белки, жиры и другие компоненты субстрата разлагаются на более простые органические соединения. Мнения о необходимости внедрения и экономической целесообразности специального накопителя на этой стадии в биогазовой установке сильно расходятся.
Поскольку в реакторе гидролиза уровень наполнения не так сильно меняется, как например, в накопителе, возможно применение всех видов миксеров.
Рекомендуется применять мешалки с высоким или средним числом оборотов.